Les activités de recherche sont menées dans le cadre de cinq laboratoires :

- Laboratoire d'Erémologie et Lutte Contre la Désertification,

- Laboratoire d'Aridoculture et Cultures Oasiennes,

- Laboratoire des écosystèmes pastoraux et valorisation des plantes spontanées et des micro-organismes associés ,

- Laboratoire d'Elevage et Faune Sauvage,

- Laboratoire d'Economie et Sociétés Rurales.